Fujimori bị truy nã với lệnh bắt giam quốc tế vì nhiều tội vi phạm nhân quyền và các tội khác. Ông ta do đó đã bị bắt khi tới Chile vào ngày 7. tháng 11 năm 2005 tại Santiago de Chile.

Ngày 8 tháng 6 năm 2007, Fujimori bị Tòa án Tối cao tại Santiago de Chile quản thúc, do đó, ông không thể trốn khỏi một vụ trục xuất sang Peru. Ngày 28 tháng 6 năm 2007 Shizuka Kamei, Chủ tịch Đảng Tân Nhân dân (PNP) thông báo, Fujimori đã được đảng ông đưa vào danh sách ứng cử thượng viện tại Nhật Bản vào ngày 29 tháng 7. Vào ngày 11 tháng 7 năm 2007, Orlando Álvarez, thẩm phán tại Tòa án tối cao của Chile, từ chối cho dẫn độ Fujimori vì cho rằng những cáo buộc nêu ra là vô căn cứ.

Vào ngày 21 Tháng 9 2007, Tòa án tối cao của Chile lại quyết định cho dẫn độ Fujimori, mà đã xảy ra vào ngày hôm sau.[26] Ông bị giam giữ tại trại tù của tổng hành dinh cảnh sát đặc biệt Dinoes. Fujimori bị cáo buộc, trong số những tội khác, chịu trách nhiệm cho 2 vụ thảm sát phiến quân Maoist (xem: Sendero Luminoso) với tổng số 25 người chết, bản cáo trạng bao gồm thêm 5 điểm, trong đó có tham nhũng và tra tấn.[27]